L'Indonésie est constituée de 17 508 îles dont seulement 6 000 sont inhabitées. Elle s'étend des deux côtés de l'équateur. Les quatre plus grandes îles sont Java, Sumatra, Kalimantan (partie indonésienne de Bornéo) et la Nouvelle-Guinée (partagée avec la Papouasie-Nouvelle-Guinée). L'Indonésie a des frontières terrestres communes avec la Malaisie sur les îles de Bornéo et Sebatik, la Papouasie-Nouvelle-Guinée en Nouvelle-Guinée et avec le Timor oriental sur l'île de Timor. L'Indonésie a des frontières maritimes avec Singapour, la Malaisie, les Philippines et le nord de l'Australie. La capitale du pays est Jakarta, sur l'île de Java. C'est la plus grande ville du pays suivie par Surabaya, Bandung, Medan, et Semarang. Avec ses 1 919 440 kilomètres carrés, l'Indonésie est le 16e plus grand pays du monde en termes de superficie. Sa densité de population est de 134 habitants par kilomètre carré, la 79e mondiale, Java étant l'île la plus densément peuplée du monde et a une densité de population de 940 habitants par kilomètre carré. Avec 4 884 mètres d'altitude, le Puncak Jaya en Papouasie est le point culminant de l'Indonésie. Le lac Toba, à Sumatra, est le plus large lac avec une étendue 1 145 kilomètres carrés. Les fleuves les plus longs du pays sont à Kalimantan, le Mahakam et le Barito, qui servent de moyen de communication et de transport entre les différentes installations sur les rives des fleuves. L'archipel est bordé à l'ouest par l'océan Indien et à l'est par l'océan Pacifique et comprend en son sein des mers comme la mer de Java, la mer de Banda, la mer des Célèbes ou encore la mer des Moluques.
L'Indonésie est située à la convergence de la plaque pacifique, la plaque eurasienne et de la plaque australienne. Il en résulte une très forte activité volcanique et des tremblements de terre fréquents. Le pays compte au moins 150 volcans actifs, dont le Krakatoa et le Tambora, tous les deux célèbres pour leurs éruptions dévastatrices au XIXe siècle. L'éruption du supervolcan Toba il y a 70 000 ans a été l'une des plus grandes éruptions de l'histoire humaine et une catastrophe planétaire. Le pays a également dû faire récemment face à des catastrophes naturelles importantes comme le tsunami de 2004 dont on estime les victimes à Sumatra à 167 736 personnes et le tremblement de terre de Yogyakarta de 2004. D'autre part, les cendres volcaniques ont beaucoup contribué à la fertilité des sols, ce qui permit à l'agriculture de se développer et de maintenir possible l'alimentation des îles densément peuplées comme Java et Bali.
Par sa situation équatoriale, l'Indonésie a un climat tropical, avec alternance de la saison humide et de la saison sèche. Les précipitations annuelles moyennes varient, à basse altitude, entre 1 780 et 3 175 millimètres jusqu'à, dans les régions montagneuses, 6 100 millimètres. Les régions montagneuses sont situées en particulier sur la côte ouest de Sumatra, l'ouest de Java, Kalimantan, les Célèbes et la Papouasie, et sont très arrosées. Le taux d'humidité est souvent très haut, avoisinant 80 %. La température moyenne varie peu au fil de l'année ; la température moyenne quotidienne à Jakarta varie entre 26 et 30 °C.
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